No se conoce con exactitud donde nació, se estima que para 1516, según algunos autores habría nacido en Medina de Rioseco, mientras otros señalan que sucedió en el poblado de Villermalo de Castilla la Vieja. Fue hijo de Francisco Jufré y de Cándida de Montesa. Desposó en España a Constanza de Meneses por medio de poder notarial dado en Santiago de Chile en 1552 a Jerónimo de Alderete. Contrae matrimonio con ella en Chile en 1555.
Su llegada a América en 1538, cuando arribó al Perú, y luego se trasladó a Chile junto a Pedro de Valdivia. Estuvo presente en la fundación de Santiago y en las primeras campañas contra los indígenas. En adentro 1554 machacó una rebelión de los indios en Gualemo, en el Río Lontué, en cuál ahora es la provincia de Curicó.[1]
En el Cabildo de Santiago ocupó diversos cargos, tales como el de alcalde y regidor en las décadas de 1550 y 1570. Además, en 1556 fue alférez real de la misma institución y en 1568 la representó ante la Real Audiencia establecida en Concepción.
Juan Jufré se destacó también por desarrollar importantes actividades económicas -estableció un molino y fue propietario de algunos barcos-, que le permitieron amasar una fortuna personal.
Murió en Santiago en 1578 y sus restos fueron enterrados en la Iglesia de Santo Domingo.