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Podría caracterizarse al gobierno de los Austrias como un periodo conservador, católico a ultranza, apegado al orden vigente y que se mantuvo alejado de todo intento de renovación pese a los fuertes movimientos culturales por los que atravesó: el Renacimiento y la Reforma Católica. Al convertirse en el baluarte de la Reforma Católica los Austrias contaron con el absoluto apoyo de la Iglesia, lo que les permitió afirmar la monarquía absoluta. Esto explica la estrecha vinculación entre Iglesia y Estado. Esta unidad religiosa se mantuvo durante el gobierno de todos los reyes de la dinastía pero especialmente durante el reinado de Felipe II.
La intención educativa de estos monarcas también se manifestó en otros documentos, tales como las Reales Cédulas de 1503 y 1509. En la primera, los Reyes Católicos encargaron al Comendador Ovando reunir niños indígenas de cada población en una casa, dos veces por día con el fin de enseñarles a leer, a escribir y la doctrina; en la segunda se indicaba que cada población que tuviese un sacerdote debía construir una casa cerca de la iglesia para enseñar a los niños. En 1512, también por Cédula Real se permitió a los franciscanos traer a América 2.000 cartillas para apoyar la instrucción de los niños. Esta decisión es importante ya que refleja la voluntad de hacer masiva y homogénea la tarea educativa.
En 1518, una Ordenanza de Zaragoza establecía que los hijos de los caciques, mayores de 10 años, debían ser entregados a los dominicos y a los franciscanos para ser educados. Por otra parte en 1552, una Junta de Prelados en Lima recomendó enseñar a leer, escribir y contar, además del catecismo. Veinte años más tarde, una Real Cédula de Felipe II dispuso que los virreyes y gobernadores debían nombrar maestros en todos los pueblos de su jurisdicción.
El sistema educativo no estaba totalmente estructurado. Las escuelas de las órdenes enseñaban los conocimientos básicos mientras que las universidades, a partir de un curriculum medieval, se encargaban de los saberes superiores. Las escuelas de enseñanza media recién se conformarán con posterioridad.
Sin embargo la unidad se lograba con la defensa y propagación de la fe católica desde las escuelas de primeras letras hasta las universidades. Así Felipe III afirmó expresamente en Cédula dada en San Lorenzo el 24 de abril de 1618, que las universidades de Lima y México se habían fundado: “/…/ para la doctrina y enseñanza de nuestra santa fe católica y al recibir cualquier grado tenía el estudiante que hacer solemnemente profesión de fe católica y jurar que siempre creerá y enseñará la Inmaculada Concepción de María. La vigilancia sobre la ortodoxia de las doctrinas que se enseñaban en los colegios iban tan lejos que, a este efecto, ordenaba una disposición de los estatutos de la Universidad de Santiago de Chile, la presencia de un teólogo hasta en los exámenes de medicina” (Facultad de Filosofía y Letras, 1924: XVIII).
La gran protagonista de la educación bajo el dominio de los Austrias será la Orden de los jesuitas.
