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Desde el momento de la fundación de Mendoza, 2 de marzo de 1561, el Corregimiento de Cuyo dependió de la Capitanía General de Chile, en donde el atraso educacional era notorio. Al decir del historiador chileno Barras Arana, hacia 1575, no existía en toda la Capitanía un solo centro educativo y las familias que aspiraban a que sus hijos se educaran los enviaban a Lima.
En 1578 se fundó en Santiago de Chile una cátedra de Gramática que dependía de la Iglesia Matriz, en donde enseñaba latín Juan Blas quien fue reemplazado en 1581 por Juan Francisco de la Hoz.
Algunos vecinos, para esta época, solicitaron al Cabildo de Santiago autorización para abrir escuelas. Tal es el caso de Gabriel Moya, cuya escuela estuvo abierta muy poco tiempo y Diego Céspedes quien pidió autorización en 1584 para abrir otro establecimiento educativo. En 1618 se fundó la primera escuela de primeras letras con carácter estable.
Con respecto a los estudios superiores, en 1591 se organizó una cátedra de Gramática fundada por Real Cédula de Felipe II que se encomendó a los religiosos de Santo Domingo. Los vecinos de Cuyo con vocación religiosa mandaran a sus hijos a estudiar a Santiago o a Córdoba. En 1595 los dominicos abrieron en Santiago una escuela de Gramática, Latín y Teología, preparatoria para profesar en la orden y el 15 de agosto de 1596 se sumaron a la tarea los jesuitas. A los pocos años de su establecimiento en Chile, los padres jesuitas fundaron hermandades y cofradías no solo para los españoles sino también para indios y negros. En ellas enseñaban las oraciones y la doctrina cristiana. Hacia agosto de 1596 empezaron las clases de Gramática y de Filosofía.
Por otro lado, desde principios del siglo XVII, empezaron a residir en Buenos Aires algunos vecinos de Cuyo atraídos por intereses comerciales y sus hijos se educaban en Buenos Aires. Otros se trasladaban como pensionistas a los colegios jesuitas de Córdoba y de Santiago de Chile, donde en 1611 se fundó el Colegio Convictorio del Beato Edmundo Cámpion. A fines del año siguiente los jesuitas trasladaron los estudios de Teología de la casa de Córdoba a la casa de Chile y a principios de 1613 unificaron a maestros y estudiantes con la escuela de Cámpion.
Enseñaban Teología los doctores jesuitas Francisco Suárez y Gabriel Vázquez. Se iniciaron también cursos de ejercicios literarios. Con la llegada de religiosos cordobeses, se inició el curso de Artes a cargo de Francisco Rubio. La mayoría de los estudiantes eran de Santiago, de Cuyo y de Tucumán.
Posteriormente el establecimiento fue trasladado a Córdoba de Tucumán y en 1625 fundaron un convictorio anexo a la Casa Central en Santiago.
Dos años antes, en 1623, había llegado a Chile una Bula expedida por Gregorio XV, firmada el 8 de agosto de 1621, por la cual se otorgaba a la orden permiso para abrir una universidad en Santiago por el término de diez años, reestableciendo los cursos de Artes y de Teología. Esta Bula generó una importante controversia entre jesuitas y dominicos ya que estos últimos sostenían que esta autorización podía hacerse efectiva en caso de que no existiese otra universidad a una distancia mínima de 200 millas y en Santiago ya existía la Universidad Pontificia de Santo Tomás. Finalmente coexistieron las dos universidades.
La universidad de los jesuitas adquirió gran prestigio en la sociedad chilena y el Obispo de Santiago, don Francisco Salcedo, les confió la educación de todos los seminaristas durante diez años.
En 1635 los jesuitas inauguraron el Convictorio San Francisco Javier, que hasta la expulsión de los jesuitas fue la institución educativa más importante de Chile. Este establecimiento fue durante más de un siglo y medio una de las instituciones educativas más prestigiosa de todo el reino. Atrajo a los jóvenes de las familias más distinguidas de Santiago, de Concepción, de Coquimbo y de Mendoza.
La enseñanza que se daba en el Convictorio estaba circunscripta a lo que podía conducir a la carrera eclesiástica.
“Se hallaba dividida en tres grados diferente aparte de las primeras letras, de la lectura y de la escritura. El primero de ellos, denominado de Gramática, estaba destinado exclusivamente al estudio de Latín, no precisamente para habilitar a los estudiantes para el conocimiento de la literatura clásica, sino para entender la lengua de los expositores y comentadores de la filosofía escolástica, de la jurisprudencia civil y canónica y de la Teología. El segundo llamado de Artes comprendía el estudio de la filosofía escolástica y el tercero que era el superior, estaba destinado a la enseñanza de la Teología. Los estudios de estos dos últimos grados, al que se daba el nombre pomposo de “facultades mayores” se hacían exclusivamente en latín artificial y degradado que se usaba en las escuelas”. (Barros Arana, 1885: 361).
Por especial concesión del Papa, las cátedras de Teología de los dominicos y la ya mencionada de los jesuitas, recibieron el nombre de Universidades Pontificias. Sus alumnos luego de cinco años de estudio podían recibir del obispo de Santiago luego de rendir una serie de exámenes los grados de bachilleres, licenciados y doctores en Teología.
