Desde el momento de la fundación de Mendoza, se inició el proceso de evangelización. Pedro del Castillo llegó con el padre Hernando de la Cueva y luego de la llegada de Juan Jufré, este se traslada a San Juan como Vicario de la Iglesia Matriz de esa Ciudad, asumiendo Cristóbal de Molina el mismo cargo en Mendoza. Ellos serían los primeros curas catequizantes y además maestros de los hijos de los vecinos.
En 1575 el Cabildo de Mendoza contrató a Juan Herrera, con un salario de 100 pesos anuales para que doctrinara a los naturales pero el establecimiento definitivo de las doctrinas permanentes se concretó durante la gobernación de Francisco de Quiñones: “El 15 de mayo de 1600, en el nombramiento de Corregidor de Cuyo, extendido a nombre de Alonso de Córdoba, dijo que hacía más de 40 años que se habían poblado Mendoza y San Juan y los indios carecían de la doctrina conveniente por lo que se encontraba la mayor parte de ellos en la infidelidad. En consecuencia se ordenaba “que se funden y entablen doctrinas reduciendo los dichos indios a poblado, con el fin de que /…/ puedan ser instruidos en la cosas de nuestra Santa Fe Católica”. La tarea de implantar tales doctrinas hubo de ser encarada por el obispo Pérez de Espinosa el cual se encontró ante hechos sumamente graves, determinados por la explotación de que eran objeto los naturales de Cuyo por sus encomenderos domiciliados en Chile” (Sierra, 1957: 545).
Ya algunos años antes, en 1580 el Obispo de Santiago de Chile, Monseñor Diego de Medellín pidió una subvención al Rey para instalar en Mendoza a un catedrático de Gramática, por lo que se supone que ya alguien se encargaba de las primeras letras. Las fuentes documentales revelan que fueron los dominicos los primeros que abrieron una escuela en 1592. Recordemos que entre las obligaciones de los curatos estaban las de enseñar la doctrina y las primeras letras “a los hijos de las gentes honradas”.
A pesar de que los mercedarios llegaron a Mendoza casi a continuación de la fundación, recién fundaron su convento en 1594. En toda la región de Cuyo, los mercedarios tuvieron doctrinas permanentes. Aparentemente ya tenían escuela de primeras letras desde el mismo momento de la fundación del convento. Hacia 1745 existían estudiantes de Filosofía y de Teología en su convento. Muchos de ellos terminaban su educación en la Universidad de San Felipe.
En el invierno del año 1601 llegó a Mendoza fray Juan Pérez de Espinosa, obispo de Chile. En su trayecto de España a Chile pasó por Cuyo y visitó las tres ciudades del Corregimiento y viendo la situación en la que se encontraban los aborígenes escribió una carta al rey en donde sugería separara a Cuyo de Chile, enviándole un gobernador para que de esa manera pudiera aumentarse la Real Hacienda para beneficio de españoles y naturales.
En 1602, el Provincial de los jesuitas, Diego de Torres, visitó las ciudades de San Juan y Mendoza y consideró la importancia de establecerse en la región de Cuyo debido a que habían numerosos aborígenes sin catequizar. Por esta razón envió al padre Juan Pastor a Mendoza hacia el año 1608, acompañado por Alejandro Fava. Ellos tomaron como residencia para la Compañía de Jesús un grupo de casas cuyos propietarios eran el Capitán Lope de la Peña y su esposa Inés de León Caravajal. Ambos eran encomenderos “ausentes” con residencia en Chile quienes decidieron rever su posición y donaron sus propiedades a la Compañía.
El padre Juan Pastor, a cargo de la nueva residencia, se dedicó desde el mismo momento de su llegada al estudio de la lengua huarpe lo que le permitió, al poco tiempo, confesar y predicar en la lengua aborigen y completar y corregir el Arte y Vocabulario, la Doctrina Cristiana y Catecismo y Confesionario, todas obras del misionero jesuita Luis de Valdivia.
Conocida la lengua aborigen, el padre Pastor en compañía del hermano Fabián Martínez y aprovisionados con pan y carne salada, se adentraron en la zona de las Lagunas de Guanacache para evangelizar a los huarpes.
Estas “doctrinas” se extendieron luego a Barrancas, en Maipú, y a Tupungato y Tunuyán en el Valle de Uco. A partir de este momento las lagunas de Guanacache y los valles de Uco y de Jaurúa fueron centros de acción catequística jesuítica. Posteriormente el Padre Agrícola llevará su predicación a los valles del Diamante en el sur de la provincia y al valle de Corocorto en La Paz.
El 6 de junio de 1610 una carta del padre Juan Pastor expresa que en cada doctrina quedaban muchachos bien instruidos, que sabían el catecismo y que podrían transmitirlo a los demás. Por otra parte, una carta del hermano Fabián Martínez establecía que una vez llegados a Guanacache, luego de celebrar misas y realizar bautismos, confesiones y casamientos: “/…/ se estableció una escuela de doctrina muy fundada de muchachos y muchachas y así se quedaron bien adiestrados en las oraciones y en el catecismo; gastamos aquí quince días aunque en este tiempo anduvo el padre (Pastor) haciendo correrías por otros puestos y pueblos comarcamos dejándome a mí para que dejase a aquellos bien instruidos por ser ka cabeza de los demás. Quedó el hijo del curaca tan industriado que podía hacer la doctrina como uno de nosotros/…/ y quedaron impuestos en que todos los días juntasen los muchachos en la doctrina y los domingos y fiestas a toda la gente”.(Cartas Anuas, 1927: 64).
Los jesuitas se impusieron un plan de acción muy organizado que tenía como objetivo la atención de los naturales, que incluía su educación: “/…/ primero que haya un padre o hermano que todos los días, en un lugar que quede acomodado junte los infieles y les enseñe la doctrina/…/; segundo que el Señor Obispo mandase a los amos y dueños de estos indios infieles que lo ordinario son esclavos, que sus amos les envíen a la doctrina y que el cura hiciese padrón con ellos; tercero: que los estudiantes que vienen a oir latín en nuestra casa aprendiesen la doctrina en la lengua de los indios, que ellos saben muy bien y la enseñase cada uno a los de su casa, señalando premio al cuidadoso y castigo al negligente y que los padres de cuando en cuando salgan en misión por las heredades de los españoles para catequizar y bautizar los infieles de los cuales hay algunos que pasan de la provincia de Cuyo a servir a los vecinos de Chile, por mandato de sus amos”.(Cartas Anuas, 1927: 21). Cabe destacar que en toda la documentación puede comprobarse la permanente denuncia de los jesuitas de las “encomiendas de ausentes”
