La colonización española de las tierras americanas se apoyó en el dominio militar y en proceso de evangelización. De aquí que Estado e Iglesia fueran de la mano en la conquista del Nuevo Mundo.
El primer documento pontificio que estableció la intervención de la Iglesia en el proceso de conquista y colonización fue la Bula “Inter Caetera”, fechada en 1493 en donde el Papa Alejandro VI otorgaba el dominio de las tierras descubiertas a los Reyes Católicos a cambio de asumir la obligación de enviar misioneros a evangelizar a los pueblos americanos y decía: “Os mandamos en virtud de santa obediencia que enviéis a dichas tierras firmes e indias, varones probos y temerosos de Dios, doctos, peritos y expertos, para que instruyan a los susodichos naturales y moradores en la fe católica, y les enseñen buenas costumbres poniendo en ello toda la diligencia que convenga”(Ramos Pérez, 1947: 448).
Este documento legitimó la expansión española en América e hizo de la conversión de los indígenas al catolicismo, el motivo que mejor justificaba la conquista y fueron los reyes los que escogieron a los misioneros, determinaron el número de los que debían pasar a América, señalando los lugares de evangelización y regularon su permanencia en América.
Esta decisión fue ratificada por el testamento de la reina Isabel cuando decía: “/…/ nuestra intención fue /…/ procurar inducir y tratar a los pueblos y convertirlos a nuestra santa fe y enviar a dichas islas y tierras firmes, personas doctas, temerosas de Dios, para instruir a los vecinos y moradores” (Zurita, 1949: 210).
Se estableció así una relación muy particular entre el Estado español y la Iglesia católica ya que esta le otorgó a los reyes poderes especiales tal como el “Derecho de Patronato” llamado también “Regio Patronato”. Estos derechos especiales ya se perciben en la bula “Inter Caetera” ya mencionada cuando la Santa Sede impuso a la Corona el envío de los misioneros. Será la Bula “Eximiae Devotionis” de 1501 la que concederá a los reyes españoles todos los diezmos de las iglesias americanas.
Las facultades y tareas del rey fueron ampliadas por la Bula de 1508 que le otorgó el derecho de patronato sobre la Iglesia de América. Esto se concretaba en que se le otorgaba la facultad de disponer sobre la erección y ubicación de las iglesias y monasterios y la designación de los miembros del clero en todos los cargos superiores o inferiores. Esto se denominó “Real Patronato de las Indias” y le otorgó al rey más poderes sobre la Iglesia americana que sobre la Iglesia española.
