Mendoza se fundó en 1561, en el sitio denominado por los españoles como la Provincia Huarpe de Cuyo. Durante el siglo XVII la ciudad de Mendoza se hallaba gobernada por un Corregidor y Justicia Mayor y el Teniente de Corregidor con funciones políticas y militares, pero el Cabildo Justicia y Regimiento consolidó el núcleo urbano, además de la protección espiritual asistida por el Cura Rector de la Iglesia Matriz y las órdenes religiosas establecidas en la ciudad. Los privilegios y jerarquías se disputaban entre el fuero civil y el eclesiástico.
La evangelización huarpe se realizó a través de la catequización. Para esto el Padre Luis de Valdivia realizó un confesionario en las lenguas Millcayac (para la región de Mendoza hasta el río Diamante) y Allentiac (para la región de San Juan de la Frontera). Esto permitió el control del culto y el de las prácticas, desterrando de este modo el pensamiento aborigen.
“Otra cosa que hizo el Padre Luis de Valdivia tambien de grande admiración, y fue, que con ocasion de catequizar, y hacer chistianos a unos indios, que se laman Guarpes (que son los que dijimos en su lugar habitan en la tierra de Cuyo, que esta de la otra vanda Della cordillera) aprendio su lengua (que es totalmente distinta a la de Chile) y hizo gramatica, y vocabulario de ella, y la imprimio con el de Chile, con que dexo allanado el camino a los nuestros, para poder emplearle la enseñanza, y conversión de los Indios, como lo han hecho, y hazen, los que después el le ha sucedido”. (Ovalle, Alonso de (1646):338-339.)
Sabemos bien que la conquista americana tuvo como lo explica, un doble carácter, “el político y el religioso”. A los reyes, los dominó la idea de trasplantar la vida cristiana en América, difundiendo no sólo la moral sino la civilización. Así se fijaron los fundamentos doctrinales, en conjunto con las normas ético-jurídicas. Los grupos nativos recibieron por parte de España la instrucción y el adoctrinamiento, que los obligó al aborrecimiento de sus propias fiestas, ritos, cultos y ceremonias, prohibiendo y erradicando así su propia fe, además de mandar la desaparición de todo indicio de idolatrías. La misión evangelizadora fue muy importante, así como ejercicio del Patronato en qué Estado e Iglesia se fusionaron. El concepto de patronato, está definido por la intervención civil en los asuntos eclesiásticos o también la designación por parte del Estado en la designación de autoridades eclesiásticas. También explica que el concepto que del Patronato enuncia el Derecho Canónico, (Canon 1448). “El derecho de Patronato es el conjunto de privilegios, con ciertas cargas, que por concesión de la Iglesia competen a los fundadores católicos de una Iglesia, capilla o beneficio, o también a sus causahabientes”. El patronato en las Indias y la magnitud de la empresa justificó delegar sus facultades con el fin de lograr la conversión al cristianismo de los nativos americanos. En general, los gobiernos surgidos a partir de la revolución se encontraron con la problemática del Secular Derecho de Patronato, que reguló la Iglesia durante años. Estos nuevos gobiernos independientes reclamaron para sí el ejercicio del Patronato, con la intención de proponer obispos y dar curso a Bulas y documentos Pontificios. Esta nueva problemática surgió a partir de creer erróneamente que el Patronato era un derecho inherente a la soberanía estatal, cuando en realidad se trataba de una concesión de la Santa Sede entre el Papado a cada uno de los Gobiernos.
Las órdenes religiosas elaboraron para América una adaptación, de las conclusiones del Concilio de Trento y estructuraron cristianamente el culto y la liturgia. La religión en nuestros territorios se organizó desde el Ecuador hasta Tierra del Fuego. Durante el siglo XVI existía una sola provincia eclesiástica, de la que se fueron desprendiendo otras a medida que fue necesario. Un ejemplo de ello fue la creación de la diócesis del Río de la Plata en 1547 con sede en Asunción durante el reinado de Felipe II. De ella se desprendería en 1561 la diócesis de Santiago de Chile con jurisdicción sobre los territorios de Cuyo y Tucumán. Asimismo surgieron otras jurisdicciones eclesiásticas, que satisficieron las necesidades religiosas de la sociedad en la época. Pero al crearse el Virreinato del Río de la Plata, hay un traspaso en lo político-administrativo a Buenos Aires, manteniéndose su relación eclesiástica con Chile. Desde 1798 hubo muchas gestiones para lograr obtener la creación de una silla episcopal en Mendoza. La Región de Cuyo se separó del Obispado de Santiago de Chile para pasar a formar parte de la diócesis de Tucumán con sede en Córdoba, la que se concretó en 1807 ante la petición de Sobremonte.