Desde la fecha de fundación de la ciudad de Mendoza y posteriormente San Juan, ambas jurisdicciones quedaron a cargo de un Teniente de Gobernador y Capitán General hasta el año 1568, cuando se constituyó el Corregimiento de Cuyo, formado por las provincias de Mendoza y San Juan, con sede en Mendoza. La provincia de San Luis fue fundada en octubre de 1594 por el general Luis Jufré y Meneses, y a partir de esta fecha se integró al Corregimiento de Cuyo.
Esta nueva institución quedó sujeta a la Audiencia de Charcas y correspondientemente al Virreinato del Perú, con una breve dependencia de la Audiencia de Concepción, la cual había sido creada por Felipe II en 1565 y disuelta en 1575. Durante este período se introdujo el sistema de corregimientos para la administración de las ciudades de provincias y la Región de Cuyo pasó a ser uno de los once corregimientos del Reino de Chile, que se gobernó por un corregidor con títulos anexos de justicia mayor y capitán a guerra, con autoridad suprema en la ciudad y con las facultades de un juez real.
Más tarde en 1752 el gobierno de Chile dispuso, que los territorios ubicados al sur de Mendoza y dentro de los límites asignados a la Gobernación de Chile, se incorporasen bajo la dependencia del Corregimiento de Cuyo.
Uno de los primeros corregidores designados fue el capitán Antonio Chacón como Corregidor y Justicia Mayor de Cuyo, nombrado por la Audiencia de Concepción. El 25 de agosto de 1573, una Real Cédula suprimió provisoriamente la Audiencia de Concepción y, la supresión definitiva fue en 1575, su presidente quedó como Gobernador y Capitán General del reino de Chile, recibiendo simultáneamente la facultad de nombrar y remover a los corregidores subalternos. En 1609 se instaló la nueva Audiencia de Santiago de Chile.
