La región de Cuyo fue conquistada por mandato del Gobernador de Chile, García Hurtado de Mendoza, que envió al capitán Pedro Ruiz del Castillo, quien el 2 de marzo de 1561 fundó la Ciudad de Mendoza, Nuevo Valle de La Rioja. Pedro del Castillo se instituyó como el primer teniente de Gobernador y Capitán General.
Al año siguiente, el capitán Juan Jufré fundó el 13 de junio de 1562 la ciudad de San Juan de la Frontera, en la región de Cuyo y también se incorporó bajo la dependencia de la Capitanía General de Chile y del Virreinato del Perú.
En el momento mismo de la fundación de las ciudades de Mendoza, San Juan y posteriormente de San Luis, éstas y las jurisdicciones que a cada una de ellas se les fijó, pasaron a integrar la corona castellana. La incorporación se hacía a la corona y no al reino castellano, con lo cual quedaba claramente determinado que las nuevas posesiones de Cuyo no eran ni propiedad particular de los reyes ni dependencia del estado español, sino propiedad de la monarquía en calidad de bienes realengos, por eso la designación de autoridades en Cuyo se hizo en nombre de Dios y del Rey de Castilla, don Felipe nuestro señor y del dicho Gobernador, afirma Jorge Comadrán Ruiz.
Con la ocupación y fundación de las ciudades de Mendoza y San Juan, éstas quedaron política y administrativamente dependiendo del Reino de Chile, cuya autoridad máxima estaba a cargo de un Gobernador con el título agregado de Capitán General, pero que, a su vez, estaba sujeto a la autoridad del Virrey por ser parte del Virreinato del Perú, y a través del mismo, al Real y Supremo Consejo de Indias y al Rey de España.
