En el mes de marzo de 1788, el Gobernador intendente de Córdoba del Tucumán, Rafael de Sobremonte, estaba en Mendoza realizando su visita de Ordenanza y había fijado provisoriamente su capital en esta ciudad, por lo cual hizo que, tras la muerte de Sotomayor, se nombrara de inmediato un reemplazante.  La designación de Subdelegado recayó en José Clemente Benegas.  Según consta en las Actas Capitulares, el 15 de marzo de 1788 fue el día que se presentó José Clemente Benegas y pidió se le reconociese como subdelegado en virtud del título otorgado por el Gobernador intendente. José Clemente Benegas fue entonces el segundo Subdelegado de Real Hacienda y Guerra en Mendoza y se desempeñó en este cargo durante 18 años aproximadamente.  Aun cuando no se ha podido exactamente determinar cuándo cesó en sus funciones, Comadrán Ruiz afirma que este hecho debió ocurrir después del 7 de agosto y antes del 13 de noviembre de 1806.  Se comprueba así  una revisión sobre el  trabajo de Morales Guiñazú, quien afirma en su obra que José Clemente Benegas cesó en sus funciones en 1799 y ese mismo año le sucedió José Antonio Palacios hasta 1803.  Afirma Comadrán Ruiz que José A. Palacios no fue nunca nombrado para desempeñarse como subdelegado, y de hecho, no ejerció tales funciones. En cambio, José Antonio Palacios sí fue designado ministro tesorero de real hacienda y administrador de tabacos de Mendoza, desde 1784 hasta el día de su fallecimiento ocurrido el 17 de mayo de 1800 y que posiblemente Clemente Benegas lo haya dejado a cargo de la subdelegación de manera interina, al tener que ausentarse de la ciudad de manera imprevista. José Clemente Benegas delegó sus funciones desde los primeros días de noviembre de 1792 en José de Amigorena, quien se desempeñaba como comandante de fronteras de Mendoza, y, en otra oportunidad, delegó la subdelegación en Raymundo Pelliza, desde el 19 de junio de 1799 hasta fines del mismo año. Pero fuera de estas dos excepciones,  no se ha encontrado documentación que testimonie otras suplencias o delegaciones del mando entre 1788 y 1806. Por el contrario, en la firma de los despachos oficiales figura de manera casi permanente la firma de José Clemente Benegas como Subdelegado de Real Hacienda y Guerra de Mendoza.